中美高通量测序技术与管理高峰论坛 互动环节精选(之二)

发布时间:2018-03-01       作者:DDM       来源:临床实验室        浏览:5130       收藏: 0

主持人:丛玉隆教授

参与讨论者:黄杰(中国食品药品检定研究院研究员)、李金明(卫计委临检中心副主任)、Dr. Cheng Zhang(曾多年任FDA器械及放射健康中心体外诊断及放射健康办公室血液学部门负责人)、Dr. Jinjie Hu(曾多年任职于FDA,现为BiologicsConsulting Group, Inc资深顾问)、Dr. Lynne(申报了FDA批准的首个NGS多标志物伴随诊断产品)

问题5:有些panel在设计时,包括很多不同的突变类型和突变位点,但是在申报时,可能只报其中的数个位点和十几个位点,这种情况下,是不是所有的位点都要经过验证或者对比?另外在做分析性能验证时,是做全部申报位点的验证还是做其所属的变异类型的验证?

Dr. Lynne:如果我理解正确的话,这个问题是关于企业想做一个大panel,其中包含很多基因的很多突变,那么在验证时如何进行操作的问题。根据我本人以及公司的经验,这取决于产品标签上所注明的预期用途。如果仅作为一般用途,那么可以选择典型的突变进行一些验证,在结果报告的过程中,可以报告各种变异,但是未经验证的与经过验证的变异不能作为同一水平,而在结果累积的过程中,发现有的突变成为了新的产品所关注的位点,那么针对新的突变就应该进行具体的验证,所以关键是大panel如何来进行报告以及如何来进行应用的问题。

问题6:目前国内外很多的企业都在开发ctDNA的检测,想请问各位专家,关于申报时参考品/标准品以及对比方法应该如何进行选择,例如是否需要与同一患者的组织样本进行对照?

Dr. Hu:首先要确定你的claim,确定intended use,在预期用途的声明中就会提到所用的样本类型。当然产品可以声称用于检测血液ctDNA,但是要考虑到一个问题,就是血液中的ctDNA与组织来源的DNA是否相匹配,是否能满足临床预期用途,这是预先要进行验证的。即在产品设计的时候就要开始考虑使用的样本类型是否能够满足临床预期用途,而不是仅仅检测就够了。

Dr. Zhang:FDA曾批准过用于liquid biopsy的产品,即用于检测血液DNA。审批时曾指出该方法灵敏度还不够。也就是说,在检测时,如果血液DNA结果报告为阳性,那么不需要再检测同一患者的组织,但是如果检测结果是阴性,那么还是要通过检测患者的组织来进行结果确认。因此,目前来看,检测血液DNA还是存在灵敏度的问题。

李主任:评价ctDNA结果的准确性,可用组织作为金标准进行比对。即如果ctDNA和组织的检测结果均为阳性,那么认为结果是真实的阳性;而如果组织的结果和ctDNA的结果不同,那么选择另外一种方法如ddPCR进行第三方验证,评价其准确性。由于血液中ctDNA的含量问题,要求较高的灵敏度,因此结果的准确性可能不及组织,但同时ctDNA可能包含比组织更多的信息,不存在肿瘤异质性的问题,因此检测ctDNA又有其优点,但是也有灵敏度方面的局限性。因此,在产品设计时,要将以上问题都考虑清楚。至于参考品,那么就是使用游离DNA的参考品,NGS参考品不好实现,因为NGS本身的优势是涵盖大量的突变和位点。实际上,对于少数位点,不必要做NGS,使用ARMS-PCR或ddPCR的方法就可以。如果做成百上千的位点,那就要用到NGS,而在参考品设置时,可能还要做配对。

问题7:之前FDA批准的伴随诊断产品,针对同一突变EGFRExon 19 deletions and L858R对应的都是一种药物,如cobas对应厄洛替尼,therascreen对应吉非替尼,甚至Oncomine因为只和therascreen进行了对比,所以只对应吉非替尼。但是最近批准的Foundation One Cdx变异对应多种靶向药物,请问这方面FDA监管的政策和标准是怎样的?

Dr. Hu:在这方面,Dr. Lynne是非常有经验的,也是和企业人员从同一个角度出发的,我们可以听听她的意见。

Dr. Lynne:首先,要了解为什么原来批准的检测是针对单个靶标的单个药物。因为基于PCR的方法,针对某个药物的应用,只能设计单个检测,所以相应批准的是单个项目。而采用NGS技术,可以利用小量的组织同步获得多个基因的多个突变结果,这样就提供给我们更多的信息。所以当前批准的产品是FDA在顺应技术的改变所做的相应调整,并不是政策的变化。实际上,在其他检验项目中,也可以单个检测对应多种适应症,而NGS技术使其得以实现,所以新批准的例如Foundation One都被允许在一个平台上做多个药物适应症的使用。

李主任:有必要纠正一下,就是“一种药物对应一个基因或者一个基因对应一种药物”这个概念是不对的。例如BRAF V600E对应的达帕菲尼(dabrafenib)、曲美替尼(trametinib),还有像EGFR突变实际上对应着很多种药物,TKI也分为第一代、第二代、第三代。至于批准了几种对应的药物,这是由所做的伴随诊断研究来确定的。

问题8:FDA方面,关于NGS的临床研究,在制定临床方案的过程中,如何确定临床样本数量,尤其是对于衔接性试验,审评时可以接受的样本例数是多少?申办方制定了临床研究方案后,如何与监管部门沟通,在这方面有哪些经验和技巧?

Dr. Hu:在FDA的申报过程中,进行pre-submission是一种非常有帮助的形式。借助pre-submission这个流程,能够使递交的资料尽量符合审查的要求,当然最终还是要询问FDA方案是否可以被接受。要给出足够的理由,说明所设定的样本量能够支持的结论,包括检测的灵敏度、阳性预测值、阴性预测值等。最终FDA是否接受你的方案,还是要通过pre-submission这个平台来讨论。像Dr.Lynne刚才提到的,他们进行了11次的pre-submission,就是每次都要解决一些问题,尤其是NGS这个平台,FDA是希望你做的越全面越好,所以有一些要求是比较理想化的。如果企业做不到,需要向FDA解释原因,例如理论上可以做到,但是实际上做了很多尝试还是达不到这个要求,这种情况下可以提出一个替代的方案。总之,通过pre-submission的方式可以节省很多投入和时间。Dr. Zhang:还有一个相对简便的方法,就是从已经批准的产品来寻找相关线索,提出你的方案,然后再通过pre-submission的方式与FDA进行数量上的确认。

Dr. Lynne:衔接性试验,是用新的方法来检测已进行过临床试验的样本。一般情况下,FDA会认为最理想的方式是用待考核的方法把所有样本重新检测一次。其中,已检测为阳性的样本全都要做,阴性可以做一部分,因为阴性样本的数量通常大于阳性样本,具体数量要与FDA沟通确认。例如阳性有100例,那么就做全部的100例,而阴性做100例或200例,这个要通过与FDA讨论后确定。然而以上是假设研究者保留了所有的样本,但是在实际操作过程中,也许研究者声称保留的样本并不存在或者不可用,导致样本量达不到,这时就需要有统计学家帮助你判断数量是否有等同的效果。如果不够,就要寻找补救的方法,例如找到其他之前未参加过临床研究、但是需要治疗的阳性患者,或者没有原始的组织样本,但是有其DNA或者RNA样本的患者。FDA设想的最好是与原来的研究有同样的规模,使用同样的样本,但是实际操作过程中总会存在各种问题,这时就要想办法与FDA沟通和解释是否能采用替代性的方法。

总 结:

丛主任:今天的会议和讨论更多是聚焦于测序在肿瘤领域的应用,与药物治疗的关系。由此我们也应该想到,在二代测序技术的发展过程中,是否还有其他具有应用前景的产品,如微生物领域、传染病?或者该项技术在疾病诊断、筛查方面是否具有其他的应用前景?此外,关于LDT,现在有很多的实验室、科研机构可以研发出各式各样的检测方法,但是无法获得CFDA的批准,请问FDA对LDT的政策是怎样的,有哪些可以借鉴?

Dr. Hu:建议大家不要都集中在肿瘤领域,可以尝试另外两个方向。一是在传染病领域,因为NGS技术既可以测序人基因组,又可以检测病原体。而病原体是非常重要的一个方面,首先病原体基因不是整合到人基因组的任何位置都会致病;其次,与其相邻的位置是什么样的序列更易感,这些领域都是可以用到NGS技术的。另外就是应用于基因治疗监测领域,因为基因治疗的一些不良反应要经过一段时间才会显现。

Dr. Zhang:FDA有一个专门的部门来审查微生物、传染病领域的NGS检测,可见其应用不亚于人类基因组的检测。而关于LDT,一年多前,FDA曾发布一个如何监管LDT的草案指南,将LDT按照风险划分进行监管,而美国总统特朗普上台后,该草案文件至今还没有形成最终的指南。现在FDA的策略是通过鼓励的方式促使大家把LDT升级到向FDA递交申请,最终通过审批,在某种程度上保证其质量。但也有可能采取相对灵活和宽松的监管方式,而CMS也通过纳入医保的方式鼓励大家向FDA递交申请。在美国,实际上有很多的实验室,很多的LDT,实验室的规模甚至比多数IVD企业还要大很多,这些实验室都可以开发检测方法,而且掌握了大量样本资源。所以实际上,FDA很想监管LDT,但是从策略上可能目前选择的是比较缓和的方法。

Dr. Lynne:NGS未来在很多领域都会有应用,对于检测试剂、平台,大家都在不断拓展、优化,包括提高检测的灵敏度。而产品也不局限于肿瘤,虽然现在多数人都聚焦在肿瘤领域。作为

Thermofisher来讲,公司也有很多不同的产品在推向市场,在看市场的反应,从而进一步的开发。如果大家关注的话,会发现近两年发展最快的领域就是液体活检,因为无论是临床还是医药企业都有需求,即让我们开发出更加敏感和有效的方法,所以在液体活检领域会有很大发展。

最后丛主任进行了总结,指出:今天的会议效果非常好,在座的五位专家给我们做了非常精彩的报告,而且互动交流很接地气,解决了我们很多的实际问题。

编者按:

感谢中国医学装备协会检验医学分会和TC136委员会对于本次论坛的大力支持。本刊根据本次论坛的嘉宾发言与互动,对国内NGS监管的策略进行了如下梳理,希望能够为企业、监管机构、市场推广以及最终用户提供一些有益的信息。

1. 行业标准:CFDA已经意识到NGS监管的重要性,中检院也在主导制定相应的行业标准。该标准获批后,无论是国内企业,或是想进入中国市场的国外企业都要符合这一标准,按照标准来执行。

2. 关于CFDA的批准原则:目前,CFDA批准的原则是有明确预期用途和临床意义。产品一定要能提供可靠、可重复的结果。CFDA批准的产品要有完整的质量管理体系进行把控,上市前要经过体系验收以及上市前质量评价。

3. NGS评审过程中发现的突出问题:国内的企业有些说明书写的不够清楚,这是现存的一个比较大的问题。NGS检测是一个体系,涉及许多的环节,从样本的采集到检测结果的报告和解释,每个步骤都应该清晰的描述,包括采用的试剂、对样本的要求、生物信息学分析流程等等。真正的体外诊断产品,应该是实验室经过验证后方可直接进行使用。

4. 关于伴随诊断:目前CFDA对于伴随诊断的临床验证要求是第一与已批准的伴随诊断试剂进行对比,这是必须做的。另外要通过追踪一定的病例,观察用药信息与检测结果的关联。

5. 关于LDT: 对于NGS技术,有些检测更适合作为LDT(如肿瘤领域),然而目前国内尚无相关的法规或机构来规范所谓的LDT,美国FDA以及CMS通过采取鼓励措施促使实验室将LDT升级到向FDA递交申请,但是CFDA在这方面是否会采取与FDA相似的监管模式目前尚未可知。

6. 关于企业责任:

(1)首先,企业作为研发生产的主体,要确保产品从设计到输出时能够满足临床需求。而无论法规层面如何监管,企业要针对自己的产品进行充分的验证确保产品的性能。

(2)其次,企业在与监管部门沟通的过程中,要积极思考,在无法满足理想条件的情况下,要能够提出替代方案。

(3)最后,企业要具备社会责任感,避免利益驱动导致的过度检测和过度治疗。CFDA目前对大众健康消费类产品尚未形成监管,但有些检测不适用于所有人,产品一定要有适用范围。

7. 与监管部门的沟通:FDA已通过pre-submission的方式与企业建立起了有效的沟通渠道,通过意见交换和关键问题的确认,使整个申请过程更加顺畅。在递交过程中,也可以将申请分为几个模块,加快审批进程。未来,CFDA是否会参考类似的审批与监管策略,我们将拭目以待。

采编:于婉婷

审校:韩泯


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